方坚教授主持参与国家级、省部级、厅局级和校级科研项目课题共十多项。参与国家科委科研项目5项、参与主持十一五国家支撑计划重大项目1项，主持省部级科研课题5项、主持厅局级和校级课题10项以上）,现将其科研立项课题整理如下表:
| 序号 | 项目名称及项目来源 | 排名 | 下达年月 | 下达单位 |
| 1 | 骨松安片对肿瘤性骨质疏松症的临床实验研究 | 6 | 1996.1 | 广东省科学技术厅 |
| 2 | 中药涂膜剂治疗膝部骨关节炎的研究 | 2 | 1996.1 | 广东省中医药局 |
| 3 | 复方雷公藤涂抹于膝部关节炎患者体内分布的研究 | 2 | 1998.2 | 广东省中医药局 |
| 4 | 马钱子对脑梗塞恢复期瘫痪肢体肌力恢复的作用研究 | 5 | 2004.1 | 广州市卫生局 |
| 5 | 膝骨性关节炎生存质量量表的研究 | 1 | 2004.1 | 广东省科学技术厅 |
| 6 | 基于异病同治理论的服帖疗法治疗急腹症的技术规范化研究 | 10 | 2009.06 | 中华人民共和国科学技术部 |
| 7 | 补肾养骨汤调节内质网应激诱导骨髓瘤耐药细胞凋亡的研究 | 1 | 2011.6 | 广东省科学技术厅 |
| 8 | 应用靶向缓释型多糖纳米粒提高难溶性中药的疗效 | 2 | 2013.10 | 广东省中医药局 |
| 9 | 基于PI3K/Akt信号通路研究补肾养骨汤对骨髓瘤耐药性的调节作用 | 1 | 2014.12 | 广东省科学技术厅 |
| 10 | 广东省建设中医药强省专项中医临床重点专科项目–骨伤科 粤中医函[2015]8号 | 1 | 2015.1 | 广东省中医药局 |
| 11 | 基于Wnt/β-catenin信号通路研究补肾养骨汤对多发性骨髓瘤耐药性的调节作用 | 1 | 2016.4 | 广东省中医药局 |